หลังจากซ่อนตัวจากโลกมนุษย์อยู่หลายปี เหล่าพี่น้องเต่านินจาก็ชนะใจชาวนิวยอร์ได้และถูกยอมรับในฐานะวัยรุ่นธรรมดาจากวีรกรรมที่เคยทำไว้ เพื่อใหม่ของพวกเขาอย่า แอพริล โอนีล ก็ช่วยเหลือพวกเขาในการโค่นล้มกลุ่มอาชญากรชื่อกระฉ่อน แต่ไม่นานเท่าไหรนัก พวกเขาก็ต้องตกอยู่ในสถานการณ์ที่ยากลำบาอีกครั้ง เมื่อกองทัพกลายพันธุ์ถูกส่งมาจัดการพวกเขา